Darovací listinou psanou v Lucemburku s datem 19. října 1329 předal král Jan Lucemburský křížovníkům s červenou hvězdou farní kostel s kaplí v Tachově a farní kostel v Unhošti. Tímto farním kostelem však byl míněn kostel sv. Václava před hradbami města. Zda na místě arciděkanského kostela stávala nějaká starší stavba není známo. Stavba dnešního kostela pochází z období vlády Karla IV. Tehdy se Tachov stal významným obchodním střediskem a důležitou součástí tzv. Nových Čech. Tachovský arciděkanský kostel se nápadně podobá kostelu Panny Marie v Sulzbachu, který byl hlavním městem Nových Čech.
Po celé 14. a 15. století o farním kostele nejsou žádné zprávy, které by nějak osvětlily jeho stavební vývoj. Zprávy z roku 1426 hovoří o zpustlém stavu vnitřního vybavení kostela, který opustili oba faráři ze strachu před husity. Roku 1492 farní kostel vyhořel. Byla opravena loď kostela a většina oken získala nové pozdně gotické kružby. Chór odděluje od lodi viditelná stavební spára, která je dokladem stavební přestavby v 15. století. Jednu z následujících přestaveb datuje letopočet 1499.
V 16. století kostel využívali střídavě katolici a luteráni. V roce 1558 byl kostel znovu poničen požárem. V letech 1558 až 1562 proběhly opravy kostela. Kostel získal nová okna a do interiéru byl nastěhován nový mobiliář. Opravy se také dotkly hlavního oltáře, kůru a také věže, která byla doplněna o patro zvonice. Do zvonice byly umístěny zvony slité zvonařem Kandlerem z Plzně.
V roce 1618 kostel koupila městská rada, složená většinou z luteránů. Radikální luteráni poté vnikli do kostela a zničili sedm oltářů a svaté relikvie. Většinu kostelního majetku, který bylo možno zpeněžit, městská rada předala odbojným stavům na pokrytí válečných potřeb.
V roce 1646 byl při nájezdu Švédů vypálen hrad a část města. Požár poničil také děkanský kostel a hřbitovní kostel sv. Václava. Opravy v letech 1647 až 1649 se soustředily převážně na střechy a věž kostela. Obnoven byl také mobiliář. V letech 1781 až 1789 byl zcela přebudován dvojitý kůr. Koncem 19. století byl kostel ve značně zchátralém stavu.
4. listopadu 1883 se v Tachově sešla stavební komise, která měla rozhodnout o opravě kostela. V roce 1884 proběhla oprava věže ale na opravu kostela městská rada odmítla přispět. Nákladná rekonstrukce celého kostela proběhla až v letech 1904 až 1908. Byla opravena také věž kostela, která získala nový krov a čtyři nárožní věžičky. 28. listopadu 1908 byl kostel znovu vysvěcen. Počátkem roku 1929 byl farní kostel povýšen na arciděkanský.
Při americkém leteckém náletu 14. února 1945 byla poškozena severní loď kostela, jejíž vnější strana se zčásti zřítila. Opravy probíhaly v letech 1945 až 1946. V noci z 20. na 21. listopadu 1963 vypukl ve věži požár, který zničil krov věže i vlastního kostela. Nové zastřešení získal kostel až v letech 1967 až 1968. V roce 1995 okna v jižní části presbyteria získaly nové kamenné kružby a vitráže.