Františkáni náleželi k žebravým řádům. V roce 1466 přišli františkáni do Tachova, kde získali špitál zničený při obléhání Tachova husity v roce 1421. Při špitále, který byl ve správě řádu křížovníků s červenou hvězdou, stál gotický kostel sv. Máří Magdalény. Po přestavbách kostela v letech 1555 a 1621 se představení kláštera rozhodli starou chátrající budovu se značnou spodní vlhkostí zbourat a na jejím místě nechali vystavět nový kostel a klášter.
Toto rozhodnutí řádu františkánů zřejmě motivovala hraběnka Barbora Františka z Vrtby, která na stavbu věnovala 3000 zlatých a další milodary zvýšily částku na 4000 zlatých. V období 1686 až 1688 vyrostla tři patrová křídla kláštera. Křídlo při kostele nebylo pro nedostatek peněz vybudováno. Výstavba kostela proběhla v letech 1689 až 1694. Kostel byl vystavěn od základů patrně na místě původního gotického kostela. Různé dokončovací práce probíhaly ještě v první polovině 18. století. V roce 1748 při požáru špitálního předměstí klášter a kostel vyhořely. Údajně již v roce 1749 byla započata výstavba zcela nového kostela. Avšak historické důkazy ukazují, že původní kostel nebyl zbořen, ale pouze opraven do původní podoby. Položení základního kamene v roce 1749 bylo pouze symbolické.
V roce 1759 kostel získal oplechovanou věžičku. Malba kleneb proběhla v letech 1827 až 1848 Maurusem Fuchsem. Poslední požár kostel postihl 14. února 1945 při americkém bombardování Tachova zápalnými bombami. Po dva následující roky kostel neměl střechu. V roce 1950 byl klášter zrušen od roku 1959 je budova používána jako okresní muzeum. Dnes náleží budova opět řádu františkánů, avšak muzeum v ní bylo ponecháno.