Kostel sv. Václava sloužil jako městský kostela před vybudováním kostela Nanebevzetí Panny Marie za vlády Karla IV. Tuto službu zastával také v době poničení městského kostela četnými požáry. V urbáři z roku 1555 jsou uváděny dva farní kostely, jeden ve městě a druhý na předměstí.
V roce 1460 získal kostel sv. Václava od papeže Pia II. právo odpustků. V roce 1561 byl kostel obnoven po požáru, který v roce 1558 zničil také farní kostel ve městě. Od 16. století byl kostel sv. Václava většinou zmiňován jako "starý" nebo "hřbitovní".
V roce 1786 byl kostel uzavřen a odsvěcen. V roce 1821 jej nechal Alfred Windischgrätz upravit v gotickém slohu. V letech 1830 až 1886 kostel sloužil jako pohřební kaple Windischgrätzů. Do roku 1876 se kolem kostela pohřbívalo. V tomto roce byl hřbitov zrušen a založen nový, který ležel v místech dnešního parku naproti autobusovému nádraží. Roku 1896 byl starý hřbitov kolem kostela sv. Václava přebudován na park. Po druhé světové válce kostel spravovala církev českobratrská. V letech 1992 až 1993 kostel získal novou střechu.